Tháng 12 năm 1216, Thuận Trinh Phu nhân Trần Thị Dung được phong làm Hoàng hậu. Từ lúc đó, anh em, thân thuộc họ Trần chiếm hết các chức văn võ quan trọng trong triều. Tự Khánh làm Phụ chính Thái úy, Trần Thừa làm Nội thị Phán thủ. Trần Thừa cho đúc vũ khí, dần dần chấn chỉnh lại quân đội.

Vua Huệ Tông lại bị trúng phong, đau yếu luôn, không đi đâu được, lại không sinh được hoàng tử, chỉ có toàn công chúa.

Tháng 3 năm Đinh Sửu (1217), vua phát điên, nhiều lúc tự xưng là Thiên tướng giáng trần, tay cầm giáo và mộc, cắm cờ nhỏ vào búi tóc và múa hát:

Từ sớm đến chiều không nghỉ, khi múa xong thì đổ mồ hôi, nóng bức khát nước, uống rượu ngủ li bì đến hôm sau mới tỉnh.

Chính sự giao phó cả cho Trần Tự Khánh. Tự Khánh ra tay đánh dẹp các lực lượng cát cứ của Đỗ Bị, Lý Bát, Hà Cao. Đoàn Thượng thấy thế lực họ Trần mạnh, tạm quy hàng triều đình, được phong tước vương và vẫn giữ vùng Hồng châu.

Năm 1223, Trần Tự Khánh chết, quyền lực lại rơi vào tay em họ Tự Khánh là Trần Thủ Độ. Anh Tự Khánh là Trần Thừa được phong là Phụ quốc Thái úy.

Năm 1224, bệnh vua càng nặng hơn. Vua đem chia cả nước làm 24 lộ, chia cho các công chúa, lại phong Trần Thủ Độ[3] làm Điện tiền Chỉ huy sứ. Đến tháng 10, dưới sức ép của Trần Thủ Độ, ông chính thức nhường ngôi lại cho con gái là công chúa Chiêu Thánh mới lên 8 tuổi, tức là Lý Chiêu Hoàng. Huệ Tông lên làm Thái thượng hoàng và đi tu ở chùa Bát Tháp, lấy pháp danh là Huệ Quang Đại sư